Southern印跡雜交是進行基因組DNA特定序列定位的通用方法。其原理為利用瓊脂糖凝膠電泳分離經限制性內切酶消化的DNA片段，將膠上的DNA變性并在原位將單鏈DNA片段轉移至尼龍膜或其他固相支持物上，經干烤或者紫外線照射固定，再與相對應結構的DIG標記探針進行雜交，用放射自顯影或酶反應顯色，從而檢測特定DNA分子的含量。